Cami, Halil ür-Rahman Gölü’nün(Balıklıgöl) yanında yer almaktadır. Cami halk arasında “Döşeme Camisi” olarak da isimlendirilmektedir. 504 tarihinde Rahip Urbisyus tarafından Hz. İsa Peygamber’in annesi Hz. Meryem adına bir kilise inşa ettirilmiştir. Meryem Ana Kilisesi olarak kayıtlara geçen bu kilise, Abbasi Halifesi Me’mun döneminde (813-833), camiye dönüştürülmüştür. Minare, Selahattin Eyyubi’nin yeğeni El Melik’ül Eşref Muzafferüddin Musa tarafından 1211–1212 yıllarında onarılmıştır. Yapı, Kanuni Sultan Süleyman (1520-1566) döneminde restore edilmiştir. 1810 yılında yapı kapsamlı bir onarım görmüştür. Evliya Çelebi, Seyahatnamesi’nde bu camiden “İbrahim Halil Tekkesi” olarak bahsetmektedir.